Mercedes lo construyó con AMG para atacar el nuevo campeonato FIA GT. El CLK GTR era un auto de carreras GT1 que apenas se parecía a un CLK de calle. Sorprendentemente, se desarrolló en solo 128 días. Ayudó comprar un McLaren F1 GTR para usarlo como mula de desarrollo mientras AMG montaba su propia carrocería y un V12 de 6,0 litros derivado del M120.
Fue dominante desde el principio. En su temporada de debut, 1997, ganó el campeonato FIA GT, con los dos títulos para Bernd Schneider, y repitió en 1998. Para cumplir la homologación, AMG y HWA construyeron al menos 25 autos de calle «Straßenversion» con un V12 ampliado a 6,9 litros y más de 600 CV.
Guinness registró el CLK GTR de calle como el auto de serie más caro del mundo en aquel momento.