El Huayra BC, presentado en el Salón de Ginebra de 2016, fue una evolución del Huayra estándar orientada al circuito. Sus iniciales rinden homenaje a Benny Caiola, amigo de Horacio Pagani y el primerísimo cliente de Pagani. Por eso el auto es tanto un tributo personal como un modelo de altas prestaciones.
El BC usaba una versión potenciada del V12 AMG biturbo de 6,0 litros, que daba aproximadamente 750 PS con un aumento sustancial del par, y perdió mucho peso gracias a nuevos materiales ligeros, como un tejido de fibra de carbono más resistente. Una aerodinámica revisada, un alerón trasero fijo, un nuevo escape de titanio y una caja manual automatizada reelaborada mejoraron su comportamiento. La producción fue estrictamente limitada, y más tarde llegó un Roadster BC.