El Zonda es el auto que lanzó a Pagani Automobili. Presentado en el Salón de Ginebra de 1999 como C12, combinaba el interés de Horacio Pagani por la fibra de carbono vista y los detalles acabados a mano con un V12 atmosférico Mercedes-AMG. Los primeros autos usaban un motor de 6,0 litros; solo se construyeron unos pocos de ellos antes de que Pagani pasara a versiones progresivamente más grandes y potentes. En 2002 el Zonda S adoptó un V12 AMG de 7,3 litros, y esa cilindrada se usó en las variantes más conocidas del modelo.
A lo largo de dieciocho años de producción, el Zonda tuvo muchas versiones: S, F, Roadster, Cinque, Tricolore, la serie 760 y muchos ejemplares únicos hechos a medida. En total se construyeron aproximadamente 140 autos, incluidos los mulos de desarrollo. El Zonda definió el lenguaje de diseño de Pagani y demostró que un pequeño taller de Módena podía competir con Ferrari y Lamborghini.