El Huayra, presentado en 2011, fue el sucesor del Zonda de Pagani y un auto técnicamente más ambicioso. Su nombre procede de Wayra, una deidad indígena sudamericana del viento, lo que encaja con un auto cuya característica principal es la aerodinámica activa. Cuatro aletas de control independiente en las esquinas de la carrocería ajustan continuamente la forma aerodinámica del auto: se elevan al frenar para mantenerlo estable y cambian de posición en las curvas para equilibrar carga aerodinámica y resistencia.
Bajo la cubierta del motor de carbono visto había un nuevo propulsor: un V12 biturbo Mercedes-AMG de 6,0 litros hecho a medida (el M158), construido en exclusiva para Pagani y que daba 730 PS (unos 720 hp). También tenía puertas de ala de gaviota y un habitáculo de inspiración aeronáutica fresado en aluminio macizo, y llevó a la marca aún más hacia el terreno de los hiperdeportivos.